Nuo 2012 m. sausio 1 d. Muitinės departamente centralizuojamos personalo administravimo, finansų valdymo ir apskaitos, dokumentų valdymo, turto valdymo, investicijų ir viešųjų pirkimų bei statistikos analizės funkcijos. Muitinės įstaigose šie skyriai bus panaikinti.
Be to, teritorinėse muitinėse bus įsteigti Mobiliųjų grupių skyriai, o Muitinės veiklos organizavimo skyriai pertvarkyti į Muitinės kontrolės organizavimo skyrius.
Teritorinių muitinių ir specialiųjų muitinės įstaigų struktūra patvirtinta Muitinės departamento generalinio direktoriaus įsakymu.
Lietuvos Respublikos muitinės struktūra optimizuojama įgyvendinant LR Vyriausybės 2008-2012 m. programos nuostatas dėl valstybės valdymo pertvarkos.
Pirmojo Lietuvos muitinės optimizavimo etapo metu buvo panaikintos Šiaulių ir Panevėžio teritorinės muitinės, visoje muitinės sistemoje 10 proc. sumažintas pareigybių skaičius.
Esamos struktūros pertvarką lemia Lietuvos muitinei iškelti nauji uždaviniai užkardant kontrabandą, didinant veiklos efektyvumą bei gerinant vidaus administravimą ir turimų išteklių valdymą, nauji iššūkiai užtikrinant tarptautinės prekybos grandinės saugumą bei verslo konkurencingumą.
Besikeičiančios sąlygos pasaulinės ekonomikos globalizacijos akivaizdoje skatina Lietuvos muitinę numatyti naujus veiklos metodus, tobulinti ir optimizuoti procesus, racionaliai panaudoti žmogiškuosius ir finansinius išteklius, - taip sumažinti administracinę naštą verslui, pagerinti teikiamų paslaugų kokybę bei racionaliai naudoti Valstybės biudžeto skiriamus asignavimus.
Trečiuoju Lietuvos muitinės optimizavimo etapu numatoma pertvarkyti ją į vieno juridinio asmens statusą turinčią instituciją.
